就新竹前市長林智監被調查官余正煌自訴台灣大學國發所的碩士論文抄襲官司，指導教授、國安局長陳明通透過聲明指，余正煌的論文研究設計來自林智堅的論文計畫內容。對此，當初檢舉林智堅抄襲案的台北市立委第三選區補選當選人王鴻薇指控，陳明通說法前後矛盾，完全就是「陳明通打臉陳明通」

陳明通去年7月曾發出聲明強調，林智堅與余正煌兩人的論文問題意識不同、研究對象不同、結論也不同，且各自有其研究發現與價值，這才是重點，「沒有誰抄襲誰的問題。」

王鴻薇因此批評，陳明通現在的態度非常惡劣且反覆，這件事情已經爭議滿長的時間，陳明通認為林智堅沒有抄襲，但顯然陳明通的說法沒有辦法說服台灣大學的學術倫理委員會。

王鴻薇表示，這件事情最開始的時候，陳明通曾說林智堅和余正煌之間「沒有誰抄誰的問題」，可是陳明通現在為了保官位、保林智堅，竟然指余正煌抄襲林智堅，也就是陳明通打臉陳明通，所以她才說陳明通滿嘴謊話，應該立刻下台來接受調查。

另就余正煌疑似因論文抄襲爭議，導致遭「公司」秋後算帳，因此發臉書放話「黨，聯合公司要攻我嗎？沒關係，我不會更差了！要戰就來」的狀況。王鴻薇表示，國安局針對這個問題應該說清楚，有沒有因為現在要護航林智堅，而動用國家機器來整肅余正煌？這是絕對不能接受的。