九合一大選於11月26日結束，行政院內閣改組議題延燒，而隨著改組後外傳農委會主委陳吉仲將下台，引起外界關心。對此，陳吉仲於《自由時報》「官我什麼事」受訪時回應，自己是從學術界到農委會，因借調時間是有一定的，「來自學校最後一定也是會回去學校。」

外傳陳吉仲將隨內閣改組下台，陳吉仲即表示在到農委會之前，他已經在中興大學服務了16年，借調時間是有一定的，從學術界來最後也是要回歸學校。而他本身來自農村，也會回歸農村，退休以後想要好好的來種地瓜葉，他也指出原因「因為地瓜葉非常健康營養，可以來送給大家」。陳吉仲表示，個人去留一點都不重要，若離開農委會，會記下來的絕對不是曾經的紛紛擾擾，會記住是把哪些政策做到位，解決了3、40年沒辦法解決的問題，且這個政策持續的實施，這些才是會留下來的。

至於中國去年開始陸續禁鳳梨、釋迦、蓮霧等，今年再度禁輸石斑魚、白帶魚，後續中國再度用行政措施禁輸多項食品，讓外界質疑ECFA早收清單是否還有存在意義。陳吉仲說明，當年簽的兩岸經濟合作架構協議ECFA早收清單，項目已經被禁的差不多，中國出手原來的ECFA早收清單，讓農漁產品倚賴單一市場，而這樣的一個政策背後，以及最後的結果，當初是否真的是為了台灣農漁業的長期發展，其實打了一個很大的問號。因此近幾年大幅度降低對單一市場依賴，事實上早收清單項目現在賣至中國外銷的產值就已經減一半，後續會持續往其他市場輸出。

而針對石斑魚政策被質疑「班班吃石斑」跳票，陳吉仲則回應，就個人可以承擔所有的批評，但至少政策讓漁民收入是增加的，也讓3600多所學校的小朋友都吃到石斑魚，且幾乎是在每個縣市，小朋友吃到後也幾乎都給正面的評價。未來再有機會，可以視供應量多少，盡量來提供。