因台灣水產及食品相關等突遭中國禁止輸入，近日有不少業者跳出來表示，因中國海關總署指定產品輸入申請文件，涉及商業機密，如台北佳德鳳梨酥即對此表示補件內容涉及詳細配方比例的商業機密，乾脆放棄補件。食藥署今日也公開「輸大陸食品生產企業註冊申請書」，其中中國即要求公開包括原料/配料對應的產品名稱、產地與該原料/配料在產品中占比等，而這些都是產品關鍵。
有關媒體報導食品輸中註冊申請文件內容未涉及商業機密等爭議，食藥署鄭重說明，中國指定產品類別須依中國要求，提供「原料/配料在產品中占比」、「產品生產/加工工藝」及「廠區平面圖與車間平面圖」等資訊。而所有輸中註冊申請文件即於111年3月18日置於食藥署「食品輸銷衛生安全整合管理平台」之輸中專區，資訊公開透明。
食藥署表示，中國於111年3月9日片面通知我國須「採書面方式」提交註冊資料後，屬由業者自行註冊類別之產品，例如餅乾、糕點、麵包類等，全部都要提供「原料/配料在產品中占比」及「產品主要生產/加工工藝描述（如熱/冷處理時間及溫度等）」；另屬推薦註冊類別之產品，除水產品、乳品、未烘焙咖啡豆及蜂產品無須提供原料或配料百分比外，其餘包括包餡麵食、保健食品等也全都要填寫「原料/配料在產品中占比」。
無論推薦或自行註冊，產品類別及文件格式均須依中國規定填寫，並非業者可自行選擇。食藥署重申，食藥署輔導措施從未間斷，至今也協助業者送件3,232件。凡有意輸中業者請隨時關注輸中專區最新與正確資訊，食藥署也呼籲民眾與業者勿聽信不實訊息。
