九合一選舉落幕後，執政黨僅在嘉義、台南、高雄、屏東插旗，因南部農業縣市政策推廣順利，農委會主委陳吉仲被指為功臣。但也有聲音指出因行政院院長蘇貞昌有計劃離職，陳吉仲是否要與院長蘇貞昌同進退？今陳吉仲於立法院會前接受媒體聯訪時對此表示，沒做好的地方會深刻檢討，至於個人去留不重要，只要在這個位子一天，會盡全力為農民爭取福利。針對班班吃石斑魚政策尚未落實一事，他則表示是調度問題，會全力做好這個工作。
對於民進黨僅守住南高屏少數縣市，雖外界認為是陳吉仲輔選有功、補助到位，但被媒體問到對於民進黨此次大敗，他是否要與院長蘇貞昌同進退一事，陳吉仲則先對蔡英文總統、與蘇貞昌院長對於農委會政策、預算的支持，並表示因為這些支持讓農民過去這幾年所得收入大幅提高，目前農產價格也都穩定住，其中包括冷鏈自動化等項目。
但他表示，這些政策若還有沒執行到位，他都會進一步檢討。他強調，個人去留不重要，但只要他在這位子一天，就會盡全力為農民爭取福利。
針對班班吃石斑魚政策尚未落實一事，他則表示，在中國禁石斑魚之後，所有內外銷非常順暢，原預計外銷為300多公噸，直至目前為止石班魚外銷已超過1500多公噸。加上內銷在前端做了很多加工處理，全國各大超市如全聯等，都可以買到處理好切片的石班魚，所以讓產地價格維持在很好的水準。至於會提供4 次的全校午餐石斑魚，則絕對會執行到位，因為現在是調度問題，他表示會全力來做好這個工作。
