台大教授劉靜怡於 2015 年 1 月向台大醫院申請提供現任台北市長、時任台大醫師柯文哲等人，1988 年到 2013 年間任職期間進行無心跳者器捐摘取等資料，卻遭到拒絕。對此她提起行政訴訟，經 7 年纏訟後，最高行政法院近日判定部分器捐資料為公開政府資訊，應提供。全案確定。
「屠殺」（The Slaughter）一書的作者伊森．葛特曼（Ethan Gutmann）在 2018 年召開記者會表示，因為柯文哲在中國推廣葉克膜技術，間接鼓勵與助長法輪功學員器官被活摘的可能。
劉靜怡主張柯文哲等醫師，在 2008 年 4 月在《澄清醫護管理雜誌》發表「無心跳者器官捐贈的法律倫理問題」一文記載，自 1998 年 2 月到 2005 年 4 月共執行 26 例無心跳器捐，共摘取 52 個腎臟和 1 個肝臟供移植，移植結果良好等語。於是向台大醫院申請提供柯文哲、陳益祥等任職時，所進行無心跳者器官捐贈等資料，不料遭到拒絕。劉靜怡於是提起行政訴訟。
最高行政法院認為，台大醫院 2 年前曾針對 1994 年到 2007 年清查 154 名器捐者病歷等資料，這是公開政府資訊，應提供，不得拒絕，判決台大醫院應提供柯文哲等人自 1994 年到 2007 年間器官捐贈摘取次數、各次日期等資料，全案確定。
對此，柯文哲今天上午出席台北市原住民族運動會受訪時指出，「他是寫 SOP 的，但執行的不是他。」
