尼莎颱風外圍環流及東北季風的共伴效應帶來猛烈雨勢，海空交通皆受到影響，交通部航港局今(16)日宣布，有26航次交通船停航；民航局則統計，國內線航空航班有6架次取消，2架次延誤，航港局也提醒，颱風期間不要前往離島旅遊，以免因船班停航而須滯留離島。

航港局表示，受尼莎颱風影響，今日共有5航線，計26航次停航，包括基隆-馬祖2航次全部停航、南竿-莒光6航次全部停航、南竿-東引1航次全部停航、富岡-綠島14航次全部停航、富岡-蘭嶼3航次全部停航；航港局呼籲民眾颱風期間不要前往離島旅遊，以免因船班停航而須滯留離島。

此外，民航局統計，受到尼莎颱風影響，截至今日上午10時，國內線取消6架次、延誤2架次，國際暨兩岸航線則未受影響。