今年五一勞動節因台鐵工會依法休假不加班，國定假日疏運受到衝擊，因此交通部為了不讓類似情況再發生，將於公司化的子法中要求「員工在國定假日要採輪班制」，不過這項消息引起台鐵工會不滿，認為已違反《勞基法》，但交通部認為，此條文是為了讓台鐵正常營運，出勤仍會徵得員工同意，不是違法。

因不滿台鐵公司化草案未與員工充分溝通，台鐵企業工會在五一勞動節發動不加班方式集體休假，多數司機員不願意出勤，讓台鐵表定班次全部停駛，只能開出18班次臨時列車，也嚴重影響台鐵疏運。

因此，為了不讓「依法休假」的情況再度發生，交通部長王國材今年五月在立法院答詢時表示，在國定假日不加班情況下，會導致台鐵無法運作，勞資協議可把它（國定假日上班擇日補休）簽下來，希望在台鐵公司化都處理完畢之後，透過勞資協議把假日輪班制度簽下來，減少營運的不安定因素。

這項決策將會於近期召開的台鐵公司推動會報提及，盼未來改成員工在國定假日出勤、可事後補休的制度，其出發點是為了維持台鐵正常營運，減少未來不安定因素。

不過這項決策被台鐵工會反對，認為有違反《勞基法》的疑慮，要求交通部及台鐵局取消該規定，並喊話交通部要訂定有關於勞動條件的事項，最好與工會協商，取得共識後再簽定團體協約，勞方才願遵循，而工會幹部已獲邀參加十月底的台鐵公司推動會報，未來將直接了解政策方向、反映員工聲音。

不過，交通部則表示，因為台鐵人員可能有公務人員兼具勞工身分，或純勞工等情況，故相關規定若與勞基法相違背時，確實都是無效規定，未來相關子法訂定時，條文比較像是宣示性質，公司化後的國定假日要求出勤，仍會徵得員工同意，評估未來透過獎勵鼓勵員工國假出勤。