今有媒體報導，去年指揮中心購買5351萬劑疫苗，金額總計408.6億元。而該媒體引述報導指出，對比國外購買疫苗同樣的劑量，金額約335.4億元，與指揮中心公布金額相差高達70億元，防疫專家王任賢更批這是赤裸裸的合法貪瀆！對此指揮中心發言人莊人祥表示，購買疫苗有許多變數，對於採購疫苗同仁操守被批為貪瀆，他認為是媒體污衊、莫須有指控。

針對台灣疫苗採購團隊購買的疫苗價格，高於其它國家70億元一事，莊人祥表示，這個報導內容所引述國際均價，其主要消息來源完全沒有註明。至於新冠疫苗採購價格影響的變數，莊人祥表示，包括採購劑量多少、時機、該國是否為低中收入的國家等條件，均會影響整個疫苗採購的單劑單價。

而有專家批評這是「合法貪瀆」，莊人祥則回應，對於採購疫苗同仁操守被批為貪瀆，他認為該媒體報導內容是「污衊」，且是莫須有指控。