武漢肺炎若流感化，指揮中心的角色該如何安排？針對這議題，中華民國防疫學會理事長王任賢表示，他認為現階段防疫作為已流感化，指揮中心已可解散。對此，中央流行疫情指揮中心指揮官陳時中表示，組織該如何運作，「政府自有定見！」

王任賢指出，現階段關於防疫的相關策略標準仍很嚴格，他反而認為會干擾常規醫療，會造成確診者死亡數增加，他並直言指揮中心即是國內超額死亡的最大問題！認為目前防疫已至常規流感化的狀況，指揮中心也無存在必要，他認為最佳解散時機為7月16日，因為民進黨也能在這時提名陳時中參選台北市長。

陳時中在今日記者會中被問及此事時，他簡短表示「組織該如何運作，政府會有定見。」而針對參選台北市市長傳聞，陳時中一反過去回答標準答案「以疫情為重」，他回答「這問題有機會再回答。」留給外界不少想像空間。