中國宣布禁止進口台灣石斑魚，由於屏東縣占石斑魚產量占全台一半以上，產業大受打擊，屏東縣長潘孟安25日痛批，完全不知農委會的因應機制為何，且沒有作為，縣府只能自食其力，令人遺憾。對此，農委會主委陳吉仲表示，他和潘孟安關係很好，也隨時都有跟潘用LINE和電話聯繫，說明農委會處理情形。

陳吉仲今（27）日前往南投參加農業座談會，面對潘孟安的批評，陳回應，他跟潘孟安一直都很好，而且都有保持密切聯絡，10日中國片面宣布暫停台灣石斑魚輸入，他立即打電話給潘孟安說明事情緣由，行政院長蘇貞昌12日也第一時間到屏東去視察石斑魚養殖狀況，農委會也實施相關措施，並通知屏東縣及台南和高雄市政府的農業相關單位。

陳吉仲強調，農委會7月1日會正式啟動相關措施，並和地方政府一起為漁民合作，將價格維持一定的水準，大家都很感謝農委會的幫助，會努力把價格維持在一個支撐點。

至於資深媒體人周玉蔻認為總統蔡英文應該換掉農委會主委一事，陳吉仲直言，尊重媒體人的評論，對他來說做了什麼事情，農漁民最知道，「我們的工作就是把每一天當最後一天，好好努力解決農漁業問題」。