疫情持續，但各縣市面對的新冠疫情程度不同，暫停實體課的標準也不一，暫停實體課的縣市，校園營養午餐的團膳業者營運與備料受到影響，讓團膳業受到成本損失的衝擊。教育部今（13）日表示，將補償5至6月配合防疫停餐、遭受食材損失成本的團膳及食材廠商，預估補償經費達新台幣3億元。
教育部指出，依據2020年11月13日修訂的「學校外訂盒（桶）餐採購契約範本」，因不可歸責於廠商的情形，機關通知廠商部分暫停供餐，可補償廠商因此而增加的必要費用，並應視情形酌予延長履約期限。
教育部說明，今年5月起，各縣市因應疫情狀況，逐週宣布暫停實體課程，造成臨時且持續的區域性停課，影響團膳及食材廠商停止供餐，導致食材成本費用損失，學校通知暫停相關供餐及食材供應，應依契約補償廠商。
考量各縣市及學校恐無力負擔補償所需經費，教育部提到，經各界與朝野黨團來函關心與建議，對於5至6月團膳及食材廠商配合政府及校園防疫措施停餐，導致已備食材損失成本的費用，將由中央協助地方政府及教育部所轄學校進行補償，並參採食材成本的計算補償核實支給，預估補償經費達新台幣3億元。
教育部說，高中以下學校團膳及食材廠商食材損失費用補償，由各地方政府彙整所轄學校所需經費後，向國民及學前教育署提出經費申請；教育部主管學校所需經費，則由學校向國教署提出經費申請。
