目前因應全國疫情，加上國內染疫兒童傳出多例併發腦炎，引發家長憂心。中央疫情指揮中心規劃在六都啟動兒童疫苗接種站，但卻傳出疑似排擠到非六都的縣市疫苗配發？如南投、雲林等縣市都傳出原預定要配發劑量遭刪減或暫緩配發，今指揮中心回應，目前總計已配送90.46萬劑疫苗予地方政府衛生局，配送數量已可讓大部分縣市戶籍人口涵蓋率達95%以上，部分縣市甚至可超過100%，而指揮官陳時中則曾表示，大型接種站的疫苗絕無挪用非六都縣市配發疫苗，若地方政府兒童疫苗真得不夠可隨時反映，中央會協助。
南投縣衛生局表示，中央原規劃配發3000劑疫苗，臨時通知暫緩配發，雲林縣府說明中央原要配發5600劑也臨時刪了3300劑，指揮中心則表示，針對BNT疫苗，已依據各縣市5至11歲戶籍人口數、已接種莫德納疫苗人數、5至11歲確診人數及教育部協助的意願調查人數，適時調整各地方政府各批次分配量，以確保疫苗資源有效運用。
指揮中心說明，5至11歲戶籍人口約142萬餘人，截至今(2022)年5月30日止已有10%以上人數確診(16.7萬人)，已接種莫德納人數約27.8萬人。以可接種對象接種率95%核估需求人數，約93萬人〔(142萬-16.7萬-27.8萬)*95%=92.6萬〕。
因此直至5月30日止，指揮中心已配送77.69萬劑疫苗予地方政府衛生局，經評估各縣市已接種疫苗人數及需求人數，也於5月31日再配送12.77萬劑至地方政府衛生局，總計配送90.46萬劑，配送數量已可讓大部分縣市戶籍人口涵蓋率達95%以上，部分縣市甚至可超過100%。另部分未達95%以上縣市，係因該縣市未提報需求、或原需求數量提報較少。
