台北市去年爆發嚴重疫情，監察院日前發布調查報告指台北市政府輕忽北農場域疫情，初期未積極落實篩檢、又未匡列確診接觸者等，及北市府長期未能掌握阿公店實際家數，亟待檢討妥處。台北市長柯文哲回應，就算要調查，還是要派醫療專業人；就算是政治打手，也希望是專業的政治打手。而監察院今（17）天反擊，台北市防疫指揮官、副市長黃珊珊過去學經歷與防疫無關，監委獨立行使憲法賦予的調查職權，且已善盡調查的能事，不宜用「打手」等情緒性字眼進行人身攻擊。
針對監察院北農疫情調查報告，民眾黨痛批：「中央把防疫不力的鍋甩給地方政府，真的大可不必。」黃珊珊也直言：「監察院別有用心的報告，打擊的是防疫前線人員的士氣！」監察院則澄清，本案調查報告已善盡調查能事，特別針對外界指稱北市府有匡列接觸者鬆散一事表明無證據可證明，亦未發現有不符合《疫情調查及接觸者追蹤指引》之情事，報告內容不迎合外界指控，可受公評，有多少證據說多少話，清清楚楚還北市府一個公道。
對於柯文哲質疑「醫療是專業，不要找外行人來當打手」，監察院指出，監委提出的調查報告，必須送請業管的專業委員會審查通過後，才能正式移請相關機關檢討改善。以本案為例，調查報告提出後經監察院社會福利及衛生環境委員會審查通過，會中有各領域專業的監委協助從各面向進行嚴密把關並提供相關意見，過程嚴謹且慎重。監察院檢討的是「行政是否疏失」，並未指摘醫療部分的疏失。
監察院續指，黃珊珊過去學經歷與防疫無關，監察院尊重其基於法定職權而承擔的防疫職責，而監委亦獨立行使憲法賦予的調查職權，且已善盡調查的能事，建議不宜用「打手」等情緒性字眼進行人身攻擊。至於黃珊珊主張「從來沒有說北農不是群聚」，監察院提到，按柯文哲於2021年6月22日的防疫記者會所說「從數據而言應是陸陸續續感染而『非群聚』」等語，會後北市府新聞稿亦已逐字稿方式將柯文哲發言內容對外發布，調查意見是一字不改的引用新聞稿內容，並無錯誤之處。
至於黃珊珊在記者會上宣稱「疫調初期台北市僅計算台北市感染者，是因中央的疫調平台設計之初，地方只能看到自己縣市的案例，以致未對設籍於外縣市的確診個案進行疫調」以及「針對北市府而來」等話。監察院反駁，疾管署於北農疫情爆發之初，即持續透過所屬台北區管中心將跨縣市感染者的資訊提供北市府，並提醒該府不應只計算台北市民眾的感染情形，此部分亦為黃珊珊於監察院約詢時所不否認。
監察院強調，透過北市府的建議，疾管署因應縣市需求開放疫調平台的系統自動介接功能，有助於各縣市的疫調工作，但疫情初期，即使資訊系統未有跨縣市染疫者資訊，但透過台北區管中心提供之資訊，北市府仍應能進行疫調。針對疫調平台系統問題，監察院表示，監察院調查後認為中央與地方均有需改善之處，也要求疾病管制署檢討改進，並非僅針對北市府而來。
