2022元旦總統府升旗，台北市長柯文哲一張在寒風中「閱兵」40分鐘的照片引發外界熱議，總統府向北市府致意，民眾黨群情激憤砲轟總統府，但事後卻發現，其實包含監察院長陳菊是與立法院長游錫堃等人皆在柯文哲周遭，只是彼此有一段距離。柯文哲3日一早便表示已要求自家人不要再針對這件事發言，不過，妻子陳佩琪傍晚仍持續開砲，認為台北市長算政壇大咖，受邀去升旗，位置卻排在跟後來才出現唱國歌的醫護在一起，請問這是什麼樣考量下的安排呢？
針對元旦升旗衍生出的事件，總統府兩度表達歉意，表示因防疫安排，若活動安排有不周延之處，希望柯文哲能夠諒解，不過，民眾黨以及北市府砲火不斷，包含副市長黃珊珊等人頻頻對此事件痛批總統府。不過，柯文哲3日強調不用小題大作，還稱「我倒覺得很奇怪，當事人都覺得無所謂，怎麼大家感覺很喜歡興風作浪。」
陳佩琪2日也為柯文哲抱屈， 強調「先生才剛做完例行年度體檢，現在防疫考量進醫院前都要先做PCR，陰性才准進入，總統府防疫要嚴格，理當如此，若須PCR陰性證明，也通知市府備妥就好了，民選首都市長不需有特權，但享有和進入總統內其他眾多貴賓一樣的權利！」
陳佩琪3日又談到前兩天元旦升旗吹40分鐘冷風事件， 她表示，自己敢保證這個人(柯文哲)是真的不覺得怎麼樣，甚至是直到那天晚上回到家，關心的電話此起彼落，他才意會到出了什麼事。
陳佩琪坦言，以自己跟柯結婚30年的直覺，覺得不怎麼樣，就真的是他的個性，理由是「就他一人吹風而已，也沒影響到市府或他人」，但她還是覺得這事太蹊蹺了，所以問他：「到底是幾點幾分該到總統府？」那天跨年回家下車前，就說好是清晨五點30分出門， 40分要到總統府，升旗不過就是定個時間， 通知官員和來賓什麼時候要前來排排站，時間到了就開始，她納悶，「怎會安排每個人到場的時間不同呢？先生是比預定的時間早到三分鐘，但總統府的升旗應該是早就訂下時間的，所以本就是安排市長要在寒風中站立40分鐘？」
她透露，柯只是開玩笑地說：「以我鋼鐵般的意志， 都可以一日雙塔了， 吹40分鐘的冷風算什麼！算了！算了！ 別再講了！」不過，陳佩琪仍頗有微詞，雖然知道柯不會在乎，但市長出去活動，就是代表民選首都市長的身分，再怎麼樣也該有起碼的尊重，「不尊重市長，就是不把台北市民放在眼裡！」
陳佩琪認為，台北市長是「政治人物」， 也算是政壇的大咖了，受邀去升旗，位置卻排在跟後來才出現唱國歌的醫護在一起，她問總統府，「請問這是什麼樣考量下的安排呢？還是就是要他一人孤零零的在那兒罰站40分鐘呢？」陳佩琪表示，柯曾在直播說12月25日要回台大醫院報到，但還有將近一年的時間哩，他目前的身分還是政治人物、首都市長，「若當他是醫生，就讓他和80名醫護一起入總統府內防疫啊！」
陳佩琪繼續問，不管當他是醫生還是市長，既然領唱國歌的80多位醫護因防疫考量須躲進總統府內，「那請問總統府是小到沒有一個容的下首都市長可維持社交距離的休息室嗎？」
最後，陳佩琪表示，這件事情她的結論是「寒風中堅持站好、站滿的是有風度、有格調的市長，但面對的卻是一個無禮、失格，權謀滿滿、算計無數的執政黨。」反酸「民進黨已經結結實實地對台灣人展現了他們永遠可以執政的步數，日出東方，他們永遠不敗，台灣民主好不容易走到現在，但這樣的執政黨卻要在台灣這塊土地上十年、百年、甚至萬年執政了」。
