總統府舉行元旦升旗典禮，台北市長柯文哲獨自在貴賓區「罰站」近40分鐘引發爭議，對此，總統府發言人張惇涵解釋，今年總統府元旦升旗典禮首次由5大醫事團體共同主辦，主辦單位加上領唱國歌的防疫英雄，在總統府內準備的人數已超過80位，人數比起往年較多。因此，基於防疫考量，才比照其他重要貴賓的方式，由工作人員導引，安排柯文哲先至活動場地就位，如有安排不周之處，請柯文哲見諒，2日總統府副秘書長李俊俋已致電台北市副市長黃珊珊，總統府秘書長李大維也已致電柯文哲，再次表達總統府的致意。
對於總統府的解釋，黃珊珊並不以為然，晚間在臉書表示，下午確實接到總統府副秘書長電話，表示因防疫限制80人，所以沒有安排市長入府，並向我致意並請轉達市長，但她回應「他們應該直接向市長說明。」黃珊珊進一步表示，「這已經不是個人的事，而是對參與國家重要典禮的首都市長的尊重問題。任何人都不能理解，防疫人數限制，竟然獨漏首都市長，無言。」
