總統府舉行元旦升旗典禮,台北市長柯文哲獨自在貴賓區「罰站」近40分鐘引發爭議,對此,總統府發言人張惇涵解釋,今年總統府元旦升旗典禮首次由5大醫事團體共同主辦,主辦單位加上領唱國歌的防疫英雄,在總統府內準備的人數已超過80位,人數比起往年較多。因此,基於防疫考量,才比照其他重要貴賓的方式,由工作人員導引,安排柯文哲先至活動場地就位,如有安排不周之處,請柯文哲見諒,2日總統府副秘書長李俊俋已致電台北市副市長黃珊珊,總統府秘書長李大維也已致電柯文哲,再次表達總統府的致意。

對於總統府的解釋,黃珊珊並不以為然,晚間在臉書表示,下午確實接到總統府副秘書長電話,表示因防疫限制80人,所以沒有安排市長入府,並向我致意並請轉達市長,但她回應「他們應該直接向市長說明。」黃珊珊進一步表示,「這已經不是個人的事,而是對參與國家重要典禮的首都市長的尊重問題。任何人都不能理解,防疫人數限制,竟然獨漏首都市長,無言。」