5月時台灣爆發出一波本土疫情，當時機組員與其檢疫制度「3＋11」被視為防疫破口。針對「3＋11」是否因過鬆而成破口？陳時中不只一次親自說明其實施時序並，但仍備受爭議。事實上機組人員檢疫制度在2020年12/31日前都是「3＋11」，今年的3＋11也只是回復到去年的狀況，並再加做了一次採檢。
從2020年的12/31日前，機組人員的檢疫制度確實都是3＋11，今年的3＋11其實是回復到去年的「舊制」，只是為求保險，再加做了一次採檢。而今年紐籍機師案後，2021年的1/1開始，機組人員的檢疫制度再改成長程航班要採檢陰性且7＋7天，後來又因為擴大採檢，6千多件採檢全數為陰性，因此指揮中心在今年3/12日再將其制改成5＋9，同時要求民航要督導航空公司落實外站零接觸和機上全程防護，也因為境外違規案例也持續降低，所以在今年的4/15， 重新回歸到3＋11，並增加3天後採檢的措施。
而不幸的是，自5月開始台灣因為華航機組人員與諾富特飯店員工群聚感染事件，後續也有一連串的本土感染事件，造成800人死亡，1萬多人染疫。當時外界便質疑，是因為中央放寬機組人員檢疫制度後將病毒帶至諾富特飯店，後傳染給該飯店員工進進而引發上一波台灣本土疫情。而陳時中也曾在記者會上公開說明，他認為3＋11 的檢疫制度並不是造成台灣防疫破口的主因，當時引起不小爭議。
因此陳時中還曾於記者會上，將去年與今年機組人員檢疫制度的改變製成圖卡，以及華航與諾富特員工確診關連圖，以時程圖表方式說明機組人員檢疫措施在各階段的改變，他解釋，有人說因為機組人員實施3＋11的檢疫制度才讓諾富特員工確診，但陳時中表示，事實上機組人員住的時間越短，接觸該飯店的員工越短，3＋11的檢疫制度並不是造成防疫破口的主要原因。
陳時中表示，當時諾富特和華航事件剛到一段落，他沒辦法斷言一定沒有關聯，「因為基因定序有些相同，短時間內無法說和社會沒有連結」但經過了經由後來的廣泛疫調、採檢後，他表示從事證上找不出相關連性，因此他定調，這起案件確實是群聚案件，而「整體來看，染疫源頭來自國外。」
指揮中心日前也曾在記者會上公布3＋11 施實的相關時序，事實上其為加嚴的舊制，並非較寬鬆的新制。 圖：指揮中心/提供
