台灣的疫苗接種率逐漸攀升，總統蔡英文喊出的25%劑次人口比也提前許多達標，不過台灣目前疫苗到貨量僅984萬劑、到貨率僅12%，原因除了國際疫苗短缺之外，指揮中心在疫苗採購上還有「內憂外患」，包含中國因素、過晚採購疫苗，以及在野黨的抨擊，甚至是民眾對疫苗品牌的喜好，都使指揮中心在國際話語權的弱勢下雪上加霜。
台灣在去（2020）年9月就加入了全球疫苗分配COVAX平台，而台灣東洋藥品更早在去年7月宣布與德國BNT洽談代理權，原本預計今年初就可得3千萬劑疫苗，但後續情勢卻急轉直下，10天後東洋宣布談判破局，中央對外說明原因為「無法取得正式授權書」，不過此說法前閣揆、東洋董事長林全卻不以為意，「要取得授權書就要付大筆預付金，政府採購數量又僅200萬劑！」直呼這樣的做法就是在吃東洋豆腐。
更複雜的是，外傳該採購案有中資問題，甚至有立委赴疾管署關說，想要「卡」東洋代理BNT，試圖圖利國產疫苗就是國產疫苗的官商圖利，北檢目前正在調查中，監察院也已立案針對疫苗整備及採購情形展開調查，監委林郁容指出，政府規劃公費疫苗接種對象，乍看之下合理但有許多破綻，例如「維持防疫體系運作」與「重要官員」定義模糊，讓無關國人搭便車，另外好心肝診所事件，也讓優先施打公平性受到質疑。
不僅如此，從鴻海創辦人郭台銘提出要民間購買疫苗開始，國民黨也接著動作，在指揮中心多次攻防回應下最終開放，緊接而來的是政府的授權與條件細節制定，後續還面臨「復必泰」標籤爭議，讓兩岸問題浮上檯面，雖然最後成功取得1500萬劑BNT疫苗，但一來一往攻防之後，疫苗到貨時間勢必再往後延長。
此外，民眾對於疫苗接種也有各種聲音。從疫苗接種意願上看來，支持莫德納疫苗的民眾佔大多數，甚至有符合接種對象的民眾就是要等莫德納疫苗到貨，加上雖然公告但無法確定與疫苗關聯性的「不良反應」事件，即使我國到貨的AZ疫苗有583萬多劑，施打比例也僅有7成，更甚者在民間購得BNT後，也有民眾選擇等待BNT疫苗到貨再施打，再加上疫苗混打已逐步開放、國產疫苗也即將納入公費疫苗接種，未來中央不僅對內要處理從官到民的歧見，還要面臨民眾挑選採購廠牌等挑戰，加上對外的疫苗採購的困難，這一場疫苗大戰想要勝利恐怕難上加難。
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