因國內疫苗仍短缺，卻有媒體指稱疾病管制署造冊人數，已超過編制內人數。今指揮中心回應表示，為維持防疫體系運作，相關防疫人員與醫護人員均列為COVID-19公費疫苗接種的優先施打對象，並表示防疫視同作戰，防疫業務推動和相關人員接種都很重要，以避免影響防疫業務的正常運作。
指揮中心表示，為維持防疫體系運作，相關防疫人員與醫護人員均列為COVID-19公費疫苗接種的優先施打對象，包含第一類「維持醫療量能–醫事人員」及第二類「中央及地方政府防疫人員」，其中第二類對象為「維持防疫體系運作之中央及地方政府重要官員」、「衛生單位第一線防疫人員」以及「港埠執行邊境管制之海關檢查、證照查驗、人員檢疫及動植物檢疫、安全檢查及航空安全等第一線工作人員」等。
指揮中心指出，疾管署為COVID-19防疫主責機關，負責疫情監控、邊境檢疫、社區防疫、感染管制及病毒檢驗事項等相關業務，該署造冊1,261人，其對象除了編制內人員(正式職員、聘僱人員、工級人員)850人外，尚有研發替代役、臨時人員、駐點及承攬人員等411人，該等人員負責協助支援各項業務推動，包含協勤保全人員、資訊委外駐點等，協助邊境檢疫作業及檢疫、隔離與預防接種等系統管理維運，均擔負重要職責，亦屬指揮中心公布之第一類「維持醫療量能–醫事人員」及第二類「維持防疫量能-中央及地方政府防疫人員」。
指揮中心強調，因應COVID-19疫情，為維持防疫量能，又將防疫視同作戰，故以防疫業務推動與確保同仁防護能力為首要，進行相關人員接種作業，以避免影響防疫業務的正常運作。
