國內疫情大爆發，外界將防疫破口指向機組員的檢疫政策放寬為「3＋11」，陳時中28日指出當時會議是由副指揮官陳宗彥主持，引發議論，也有人質疑陳宗彥無醫療相關專業為何可以主持會議。對此，陳宗彥表示，防疫措施都有徵詢專家小組意見，也是隨時視狀況滾動處理
立法院朝野黨團28日協商《嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例》修正草案，有立委指出華航、富諾特群聚案，是本次疫情大爆發的重要原因，質疑為何將機組員防疫時間由「5＋9」改為「3＋11」。
對此，陳時中表示，當時機組員管理原一度趨嚴，因航空公司管理有改善，才改為「3＋11」，參與相關會議的是陳宗彥。這番言論也引起各界關注，更有人質疑為何陳宗彥無醫療相關專業卻可以主持相關會議。
而陳宗彥也在28日下午記者會時表示，他是中央流行疫情指揮中心邊境檢疫組組長，所有邊境管理的政策相關小組都會參加，包括社區管理、醫療應變、疫情監測等，而機組員的管理從去年底起就秉持邊境嚴守的方式，1月1日起全部實施「7＋7」，後來3月12日開始改為「5＋9」，4月15日後改為「3＋11」，陳宗彥強調，相關管制都是持續滾動式處理，決策也都會徵詢專家小組意見，並有防疫醫師的參與，共同做出防疫機制的討論。
