對於2006年民進黨政府裡誰拍板決定新增4百多億元核四預算，前總統陳水扁今（18）日接受新頭殼查證時表示，身為總統不會知道行政院增編什麼核四預算。民進黨停建，藍委國會多數表決再續建，行政部門必須執行。他的想法：慢慢蓋，縱使蓋成，民進黨政府也不會插燃料棒讓核四商轉。
核四是否重啟爭議再起，國民黨日前質疑，2006年在蘇貞昌擔任行政院長、蔡英文擔任副院長時曾主導編列核四興建預算448億元送交立法院通過。但總統蔡英文今日則透過臉書簡短回應，「這是2000年民進黨停建核四後，在國民黨佔多數的立院通過續建核四的決議，行政部門只好恢復編列核四預算。」
但雙方的攻防都將當初的核四停建、續建過程過度簡化。2000年10月27日時任總統陳水扁在接見在野黨領袖連戰後，行政院隨即透過臨時院會決議宣布核四停建，引發政壇動盪。國民黨則提出總統罷免案反擊。
2001年1月15日大法官會議通過釋字520號解釋文，雖稱對國家重要政策主管機關自得裁減經費、變動執行，但本於政院對立院負責及尊重立院參與決策權，政院應提報告，若獲多數立委支持，該預算停止即可貫徹，但若立院反對或做成其他決議，應視決議內容，由各有關機關依解釋意旨，協商解決方案或根據憲法現有機制選擇適當途徑解決僵局。
同年1月31日國親兩黨佔絕對多數的立法院作成核四立即復工的決議，但行政院對此項立法院決議並不接受。最後在2月13日由行政院院長張俊雄與立法院院長王金平簽署協議書，達成核四復工協議，立法院同時收回總統罷免案。2月14日，行政院正式宣布第四核能發電廠工程復工。
不過，該復工協議第一項僅說「行政院即日宣布恢復核能四廠法定預算案，讓核能四廠復工續建，其後續預算依相關法律處理。」換言之，也就是行政院蘇貞昌必須繼續執行1995年、1996年立法院分別通過核四預算1,126億餘元。但如果該法定預算已經用畢，但核四廠仍未興建完成，政院是否一定得繼續編列預算，2001年的協議文僅稱「依相關法律處理」，並無明確規範。
不過，行政院還是在2006年通過新增編列核四興建預算448億元送交立法院。時任行政院長則為蘇貞昌，副院長則為蔡英文。2013年蔡英文與媒體茶敘時，被問到為何當年會編列核四廠新增預算，蔡英文說，2000年民進黨執政前，反核四的力道雖然非常強大，但還非社會整體的共識，社會支持度不如現在這麼強。而今天反核會這麼強，其實與日本311核災有關，讓社會意見有所轉向。
蔡英文說，如果沒有社會力凝結，僅靠政治力去處理核四，有其先天上的困難。2000年民進黨執政也提出停建核四，但掌握多數的國民黨全力反對；在社會力量集結不足及民進黨執政能量也不足以應付當年國民黨的反對力量時，也讓民進黨付出很大的代價。
對於當年編列核四追加預算，蔡英文說，當時立法院也做成續建核四的決議，作為行政院副院長的她能做的，就是儘快讓它完工，不要讓它一再拖延，而產生工程上的問題，甚至造成預算的一再追加，減少國家對這個事情成本的付出。
但蔡英文今日說法「在國民黨佔多數的立院通過續建核四的決議，行政部門只好恢復編列核四預算。」與2013年回應媒體「儘快讓它完工，不要讓它一再拖延」說法，顯有一定落差。
至於2006年民進黨政府為何要編列核四新增預算，新頭殼透過line詢問時任總統陳水扁，當初決策「是您決定還是蘇院長決定的？」陳水扁則回應，「身為總統不會知道行政院增編什麼核四預算。民進黨停建，藍委國會多數表決再續建，行政部門必須執行。我的想法：慢慢蓋，縱使蓋成，民進黨政府也不會插燃料棒讓核四商轉。2000停建核四的代價是，唐飛去職 ，總統被罷免，張揆被送監院彈劾。但停建核四絕對是超前部署的前瞻計劃」。
