今年自10月5日起開打公費流感疫苗，因武漢肺炎疫情影響今年民眾接種疫苗踴躍，但根據食藥署「季節性流感疫苗不良事件通報摘要報告」指出，至12月9日接獲疫苗不良事件通報485件，平均每10萬劑注射通報數約為8.3件，相較去年每10萬劑通報1.9件高出許多，較去年115件不良通報案件高出3.21倍！其中有16人死亡、1人危及性命，創下歷年新高。
據食藥署「季節性流感疫苗不良事件通報摘要報告」指出，今年直至12月9日止共接獲485件不良事件通報，其中347件屬於「非嚴重不良事件」，主要症狀為發燒、畏寒、頭暈、嘔吐、皮膚紅疹、施打部位紅腫疼痛等；其它138件屬於「嚴重不良事件」，其中包括16件死亡、1件危及性命，另有3件疑似心肌炎、11件疑似顏面神經麻痺、5件GBS、9件疑似癲癇及抽搐、3件疑似熱痙攣、4件疑似脊髓炎、1件疑似腦炎、1件疑似神經炎、4件疑似原發性血小板缺乏紫斑症，以及2件疑似橫紋肌溶解症7件疑似過敏反應(anaphylaxis)、1件史蒂文森強森症候群(StevensJonson syndrome)等。
今年流感季不良通報，較去年115件不良通報案件高出3.21倍。食藥署表示，疫苗不良事件通報定義為「在接種季節性流感之後任何時間，主動懷疑或無法排除與疫苗相關事件的案件」，雖然時序發生在疫苗接種後，但不表示為疫苗接種所致，但衛福部將持續針對零星個案持續進行監測。而綜合目前疫苗不良事件通報資料評估結果，尚未觀察到須採取相關措施之安全疑慮。
