自指揮中心公布秋冬防疫專案後，入境台灣需提出3日內核酸檢測陰性報告才可登機的規定引起各界討論。今衛福部部長陳時中接受媒體訪問時指出，將有一波返國潮，邊境將嚴加控管，但有2件事讓他覺得最頭痛，就是核酸檢驗報告的品質和真假。

陳時中今天出席罕見疾病獎助學金頒獎典禮時對媒體表示，國際疫情升溫，加上部分假期將近，秋冬防疫專案首要面對的是台灣將會有一批返國人潮，屆時也會增加一些境外移入確診病例，直至目前為止醫療量能仍足夠，但對於備陰性報告才能入台的規定，外界認為違憲疑慮之外，許多民眾擔心因航班若臨時取消，已備好的陰性證明是否無效得重新採檢？

對此，陳時中指出，這就是正當理由，民眾不必重做檢驗也不會被罰，他表示，最讓他頭痛的是各國檢驗品質的落差、以及檢驗報告是否有造假等問題，而未來全球接種武肺疫苗後，疫苗接種證明的審定也讓他頭痛的一件事。至於今傳出英國最快於12月開始提供英國國民接種德國BNT武漢肺炎疫苗一事，陳時中表示目前外傳，他至今尚未收到相關訊息。

自秋冬防疫專案公布後，入境(含轉機)者須提出3日內武漢肺炎核酸檢測陰性報告才可登機機來台一事被外界多所質疑，指揮中心也於25號調整政策方向，將原本「提出陰性報告才能登機」改為「提出3日內核酸檢驗報告」，並同意若有：緊急狀況、來自無法自費篩檢國家、經指揮中心同意的專案等3種情形，可免附證明抵台後再自費採檢。而未附者將由航空公司評估是否可登機，入境台灣時再自費採檢並需裁定受罰。