台北市環保署針對市內公告列管之23處醫療機構，進行室內空氣品質專案稽查，北醫學大學附設醫院、三軍總醫院內湖院區及台北市立聯合醫院陽明院區，室內空氣品質細菌濃度超標，北醫更是第二度檢驗不合格。對此，北醫表示，因建築物老舊導致空氣不流通，會盡速加裝空氣清淨機等設備，來加強殺菌，改進院內空氣品質。

環保署指出，此次醫療機構室內空氣品質專案稽查結果，台北醫學大學附設醫院1樓骨科/中醫等候區細菌數達2,622CFU/m3、三軍總醫院內湖院區2樓眼科等候區細菌數達2,602CFU/m3，以及台北市立聯合醫院陽明院區1樓藥局等候區室內細菌數達2,175CFU/m3，均超過管制標準1,500 CFU/m3。目前已要求業者於11月16前改善，並在改善期間內場所入口明顯處張貼不合格標示否則將依法處新台幣5萬元以上25萬元以下罰鍰。

北醫於106年1樓批價掛號區就曾出現細菌超標情形，此次地點則為1樓骨科及中醫等候區，雖然兩次地點不相同，但環保局仍啟動專家學者輔導機制，要求業者落實改善，加強室內空品維護。

對此，北醫亦回應，此次稽查超標的區域，因建築物年代較為久遠，導致空氣流通受到影響，會盡速加裝空氣清淨機及紫外線UV燈，並持續加強院區殺菌，維持室內空氣品質。