行政院農業委員會於16日公布桃竹苗1.9萬公頃農田停灌後，停灌水稻每公頃補助14萬元，並於20日發布開非水稻作物之補償標準，花卉每公頃10萬元、柑桔類每公頃14萬元，與稻米相當。

面對嚴重水情，農委會主委陳吉仲在臉書發文表示，在經過專家評估後，農委會依照各項農產品停灌的影響程度、生產成本，提供相對應的補償。可申請補助之作物，包括大豆、地瓜、牧草、木瓜、香蕉、芭樂、火龍果、柑橘、花卉、長期蔬菜、短期蔬菜、茶、油茶、仙草和其他等14種作物，補償金額亦不相同，如甘藷每公頃補助8萬，火龍果每公頃補償7.5萬。

農委會表示，凡是在停灌範圍內且有實際工作的農民，都可以在10月30日前，攜帶身分證或戶口名簿、印章或簽名、實耕者證明文件、農會或金融機構存摺影本、切結書，到桃竹苗地區農田水利管理處25個工作站、504個水利小組提出申請，假日也照常受理。

陳吉仲說明，會簡化補償作業程序，讓農民盡早領取補償金。另外，回應農民需求，水稻補助申請也從26日延長至30日，農委會也針對專案農業貸款，開放受停灌影響有還款困難的農民，可以申請展延本金償還期限6個月，且展延期間免收利息。