政府開放民眾用振興三倍券繳納中小學、大學、補習班的學費，但是只收取紙本三倍券，不開放數位管道，而且須親自到校繳交。只允許部分且配套措施設立不完善，可能引發校方與家長的困擾。

經濟部日前說明，目前民眾可用紙本三倍券繳學費，但是須親自到學校出納組繳交，且不提供找零，也不開放使用數位三倍券如刷卡。若想要透過超商或銀行代收，仍須利用現金或刷卡，不收三倍券。台北市補教協會總幹事張浩然曾詢問開放數位券的相關問題，政府及銀行單位回應表示，教育主管單位需要先發公文至銀行，才可開放學校收數位券，但至今仍無下文。

至於午餐、書籍、冷氣等費用，目前也是比照學費的方式辦理，學校若收到三倍券後，可至銀行或郵局兌現。不過相關配套措施、規則繁複，只開放紙本而不提供數位券的狀況，讓許多民眾都相當困擾，甚至遇到學校或補習班不敢收的問題，希望等待政府訂定更明確的規則後再處理。

教育部對此表示，為確保民眾的權益，將儘速發公文通知各校，說明完整的繳納方式，讓大家有統一的收費標準。