日本九州出現數十年來未見的空前豪雨，熊本縣、鹿兒島縣、宮崎縣的災情慘重，日本政府已經發布危險等級4的避難指示（最高等級是5級），呼籲民眾立即避難。對此，蔡英文總統於5日在推特上分別以中、日文發文慰問，還成為日本放送協會（NHK）官方推特點閱頭條。

蔡英文先以日文在推特發表一篇文章指出，「由於連日豪雨，日本九州發生嚴重災情。得知熊本縣球磨村的養護之家「千壽園」因為淹水導致多人死亡，我深切感到遺憾。我們要替罹難者的靈魂祈禱，並真誠希望受災地區能夠盡快恢復正常生活。」沒多久，再以中文寫下「極端氣候對生命造成的傷害不分地區。連日嚴重豪雨不僅對中國長江流域帶來災害，也在日本九州地區造成傷亡。我們希望天候能回復正常，為逝者祈福的同時，也盼希望受損的家園能早日重建，傷者盡速復原。」NHK在報導中則特別登出日文版和中文版的推特全文，並成為其官方推特點閱的頭條。

這兩篇文章發出後，目前已有超過9萬人按讚，更有大批日本網友留言感謝指出，「感謝蔡英文總統一直以來的支持，希望妳以國賓身份來日本。」、「非常感謝，很感謝您一直關注日本，我想在日本看到蔡英文總統。」、「謝謝台灣捐口罩給日本，謝謝台灣」、「我尬意台灣」。