海軍敦睦艦隊驚傳有24名官兵感染武漢肺炎，國防部的處置和說法屢遭外界質疑、打臉。對此，總統蔡英文20晚間在臉書po文表示，「誠實以對」、「不要隱匿」是她對國防部下達的最高原則。她也說「我們共同的敵人是病毒，不是彼此」，並強調，防疫期間許多國軍投入防疫，隨時待命保衛國家，得來不易的防疫成果，不容許遭到破壞。

蔡英文指出，敦睦艦隊的事件，攸關國內的疫情控管，及國人對國軍的信任。20日上午她召集國防部長嚴德發、衛福部長陳時中，和國防、國安及防疫相關單位開會，針對敦睦艦隊後續調查檢討做出指示。

「該檢討的就檢討，該究責的也不能迴避，公開向社會完整說明，才能讓國人釋疑」蔡英文要求國防部務必配合中央流行疫情指揮中心疫調，更要在最短時間內完成內部調查，了解在執行任務的前、中、後是否有所疏失。

蔡英文接著說，這次敦睦艦隊是執行戰訓任務，參與任務的官兵都已經集中檢疫，不論確診與否、症狀為何，國家有責任給予最好的照顧。她請國軍弟兄姊妹不要擔心，也呼籲他們配合疫調與檢疫措施，共同守護家園。

蔡英文強調，防疫期間，國軍弟兄姊妹投入多項防疫工作，為因應區域情勢的變化，更是隨時待命、保家衛國。這些得來不易的成果，不容許遭到破壞，她也呼籲「我們共同的敵人是病毒，不是彼此」，並要求國防部及其他政府機關「不要隱匿」。她認為問題已經發生，承擔責任，全力解決，才符合人民對政府的期待。