總統蔡英文日前曾迎接確診出武漢肺炎的海軍敦睦艦隊，引起媒體關心後。總統府說明，總統僅於港邊揮手相迎，沒有接觸感染的風險。蔡英文今（18日）下午也透過臉書發文，強調疫情的挑戰還在，且防疫視同作戰，不能有任何破口。

中央流行疫情指揮中心連續宣布兩天零確診喜訊後的首個周末，就傳出國軍首起確診案例，4月9日歸國的海軍敦睦艦隊共有3人確診，讓國內累計確診個案達398例，再度顯見疫情威脅。

蔡英文下午則在臉書發文穩定軍心，強調今日海軍敦睦艦隊發生確診案例，她也立即做出指示，要求國軍務必配合指揮中心，進行疫調和隔離。

蔡英文臉書也稱，防疫視同作戰，不能有任何破口。面對疫情，我們絕對不可心存僥倖，務必嚴格落實各項防疫措施；疫情的挑戰還在，也請國人同胞切勿鬆懈，務必配合疫情指揮中心指示，確實做好維持社交距離，並且遵守相關規定，保護好自己就是保護別人。