武漢肺炎疫情嚴峻，過去SARS在清明過後大爆發，為避免群聚感染，中央流行疫情指揮中心也針對「清明掃墓」祭出許多因應措施，目前11縣市也取消、延後法活動，及掃墓接駁專車，內政部等各縣市也推出「線上祭祖」，讓民眾透過網路就能拜拜，就是希望能夠避免疫情擴大。
別白跑！嘉義縣、雲林縣、台南市、彰化縣（部分）、台東縣（部分）不開放入塔祭祀
因納骨塔屬封閉空間，嘉義縣政府宣布，清明連續假期4月2日到5日，市立納骨塔禁止入內祭拜，一律改為戶外祭祀；台南市也不開放入塔祭拜，而公墓部分因屬於開放空間，將加強宣導分區、分時、分流祭祀人潮。
雲林縣則到4月10日之前都不開放民眾入塔祭拜；另外彰化縣除彰化市、埔鹽鄉選購塔位及其他特殊情況不開放入塔外， 其餘24鄉鎮市皆已禁止入塔。
台東縣的池上鄉、長濱鄉、太麻里鄉及金峰鄉等公立納骨塔均不開放民眾入塔祭拜。
至於其他縣市均正常開放，就算開放也會採取人流的管制，除要做發燒量測外，入塔的人數視必須控制，內政部也提醒民眾，進入設施量體溫、勤洗手、戴口罩並發燒、呼吸道感染的人員進入也禁止進入。
全台僅基隆市、台北市、新北市、台中市開放掃墓專車
今年為避免疫情擴散，僅有基隆市、台北市、新北市、台中市開放掃墓專車。基隆市、台北市今年照常接送，班次將視實際搭乘人數彈性調整；新北市也有規劃接送，班次密集以降低同時乘車人數，避免站立情形。
而台中市的清明節掃墓專車今年自3月14日至4月5日，於豐原、后里、太平、沙鹿 及霧峰區提供清明掃墓接駁 專車，免費接送掃墓民眾往返墓區。
除這4縣市外，桃園市、新竹市、新竹縣、苗栗縣、南投縣、彰化縣、雲林縣、嘉義市、嘉義縣、臺南市、屏東縣、臺東縣、花蓮縣、宜蘭縣、澎湖縣、金門縣、連江縣等17縣市則不提供接駁專車
不用出門也能拜拜！各縣市推線上祭祖
內政部、台北市、新北市、桃園市、台中市、彰化縣、雲林縣、台南市、高雄市、金門縣都推出「線上祭拜系統」，讓居家檢疫、隔離的民眾也能追思祖先，只要填上追思人的姓名，就可線上獻花、獻果。
以內政部網站為例，民眾先在網站註冊帳號，註冊、登入完成後即可看到追思人列表，可以在此新增一名追思人，點選追思人後則可以看到神主牌，追思網站可以提供給親友進行祭拜（獻花、獻果、香燭），超過一週無人奠祭就會回到沒有奠祭物的狀態，同時追思頁面也會提供最近一次祭拜的時間。
中央流行疫情指揮中心指揮官陳時中也提醒民眾， 出門時注意個人衛生、環境衛生和社交距離，不通風的地方要注意社交距離不要在1.5公尺以內，副指揮官李宗諺也強調，所有的祖先一定都希望子孫平安健康，民眾要祭祖除了分流之外，線上祭祖也是很好的方式。
內政部推「佛系掃墓」，希望民眾能夠多加利用「線上祭祖」避免群聚感染的風險 圖：內政部/提供
民眾先在網站註冊帳號，註冊、登入完成後即可看到追思人列表，可以在此新增一名追思人 圖：擷取自全國殯葬資訊入口網
點選追思人後則可以看到神主牌，追思網站可以提供給親友進行祭拜（獻花、獻果、香燭） 圖：擷取自全國殯葬資訊入口網
