武漢肺炎疫情嚴峻，除醫護人員之外，機組人員也面臨極大的感染風險，交通部民航局也修正機組人員防疫健康管控措施作業原則，機組人員必須配戴外科口罩、護目裝備或平光眼鏡、防水隔離衣、防水手套，指揮官陳時中今（28）日也表示，機組員的裝備跟醫護人員差不多，未來也會公布乘客守則。

武漢肺炎疫情延燒，第一線人員的防疫措施也備受關注，疾管署防疫醫師蘇家彬表示，機組員必須配戴外科口罩、護目裝備或平光眼鏡、防水隔離衣、防水手套。

蘇家彬也提醒乘客，若有症狀勁量暫緩搭機，搭機時不用手觸碰眼鼻口，廁所也要與機組員分開使用，如廁完要維持衛生，不要自行更換座位，有不適狀況可告知空服員。

陳時中補充表示，「核心就是機組人員的保護」，確保機組人員在安全的環境下工作，未來指揮中心也會公布乘客守則，若不遵守規定也會處罰，不能亂換位子、無理取鬧等，有特別症狀將會區隔作為，特別病患也會戴上N95口罩。

交通部民用航空局修正「國籍航空公司實施機組人員防疫健康管控措施作業原則」，除增列組員違反規定將直接列入14天居家檢疫管制外，也增訂補充原則，要求貨機機組員返台後3天內、客機機組員返台後5天內需落實居家檢疫規定，不得派飛與外出。

此外，貨機組員返台後前3天、客機組員返台後前5天，均應留在居所不得派飛與外出，航空公司應主動進行關懷。，4天期滿前，組員非為執行航空公司所指派之公務或為執行生活必要所需之活動不得外出，航空公司應要求組員外出時需全程佩戴口罩、不得搭乘大眾運輸交通工具，且不得進入人潮擁擠處所。