武漢肺炎疫情持續延燒，國內外研究皆指出蝙蝠是病毒的重要宿主，新北市瑞芳區著名的蝙蝠洞因此引發疑慮。新北市長侯友宜表示，會嚴格的做好內控機制，市府全盤掌握中。
 
瑞芳蝙蝠洞位於新北市瑞芳區海濱里北部濱海公路旁，主要是摺翅蝠的棲息地，數量最多時可達到20萬隻。當地近年也會舉辦蝙蝠季生態之旅。侯友宜表示，市府一直有全盤的掌握，會嚴格的做好內控機制、自動監測人流。目前去蝙蝠洞參觀的人不多、非常的少，如果人太多，不鼓勵進去。
 
台師大教授吳忠信去年在病毒學國際期刊（Virus Research），分析台灣北部蝙蝠洞內「東亞摺翅蝠」糞便的病毒基因組，發現多種病毒的核酸。他認為，蝙蝠體內可能對於新型病毒具有宿主耐受性或病毒清除機制，這些都是防治武漢肺炎的重要問題。
 
台師大最新跨國科學研究顯示，蝙蝠為新興病毒的重要宿主，包括SARS冠狀病毒、MERS冠狀病毒及新冠肺炎等，且對人類有高度致病性，民眾應注意蝙蝠引發的人畜共通傳染疾病及農牧業損害。