為防武漢肺炎，交通部長林佳龍已協調旅行社停止武漢進出團，並請國籍航班妥善評估是否有必要暫停武漢航線，目前國籍航空也都已啟動防疫作業，台鐵也成立「武漢肺炎防疫聯絡小組」，防疫等同戰爭，提醒民眾，非必要勿前往該地區，並落實應落實肥皂勤洗手、咳嗽配戴口罩等個人衛生措施，如有類似症狀應主動通報。
武漢肺炎疫情嚴峻，昨（21）日台灣也確診首例，為一從武漢返台的女台商，個案下飛機時主動告知機場檢疫人員，目前正在隔離治療。
林佳龍也針對台灣飛往武漢共計4家航空公司、每週12航班，已請國籍航班妥善評估是否有必要暫停武漢航線，並進一步協調中國東方、南方航空同步評估，但因涉及台籍民眾春節返國，仍以加強檢疫措施防疫優先。
華航表示，為加強防範和保護機組員，除飛航武漢航班的客艙組員執勤時可自主配戴口罩及回收餐點時可戴手套外，自即日起飛航中國大陸及香港地區航班，另備有額外口罩，供執勤機組人員及有需要旅客索取，以維護旅客及機組人員健康，並依循主管機關相關防疫措施，於機上播放衛教宣導訊息，加強旅客警覺。
華航強調，因應疫情並啟動自主管理作業，針對武漢班機卸回機上毛毯，增加其曝曬時間，並提高消毒劑量及洗滌溫度，避免成為相關傳染媒介。
長榮航空也指出，平常就訂有嚴謹的防疫措施，所有航班均備有 N95 及一般醫療型口罩，因應目前的疫情，飛航中國大陸及港澳地區之航班有增加口罩的數量，旅客可視其需求向空服員索取。
如果航程中旅客有發燒等異常狀況，也會儘量調整座位至較空曠或獨立之區域，所有航班執勤後均會徹底清潔，若搭載過疑似有傳染病疑慮之航班，另會加強航機的清潔與消毒，以降低傳染之風險。
另外，台鐵也於21日成立「武漢肺炎防疫聯絡小組」，除利用車站、車廂廣播加強宣導外，如有疑似「武漢肺炎症狀」旅客曾搭乘本局列車時，立即對其所經站、車設施設備清潔、消毒（如售票口、自動售票機、座椅、廁所、車廂等），並紀錄備查。
目前中國已經確診的病例多達317起，有6人死亡，擴散到周邊國家，包括台灣、日本、韓國與泰國。
