107年10月21日普悠瑪列車發生出軌事故後，台鐵表示，已依交通部長林佳龍指示如期完成行政院總體檢，針對肇因改善，並積極處理事故罹難者賠償及傷者照顧賠償。

台鐵總體檢144項改善事項，分為「優先改善事項」、「一般改善事項」及「後續改善事項」三類。為落實台鐵總體檢改善事項，已成立安全管理、組織管理及營運財務三個改革小組，就改善事項進行列管追蹤。總體檢33項優先改善事項中，有31項可於109年底前辦理完成、另2項經委員討論建議後，責成臺鐵局提前於109年底辦理完成。

台鐵說，截至目前，已辦理完成者，包括成立營運安全處、定期召開安全管理委員會、修訂SOP、列車截斷行駛增加夜間養護時間、行車調度無線電話系統優化、列車檢修完工（適航）證明、列車出庫標準、軌道養護標準作業程序、抽換軌枕、修訂尿液採驗標準作業程序、建立人員回訓機制等。

針對民眾關心普悠瑪事故肇因，台鐵已進行各項改善，包括： 

一、完成ATP隔離遠端監視系統優化，讓調度總所得即時掌握列車異常狀況，給予明確行車指令，確保安全。

二、增、修訂標準作業程序。例如增訂「各型機車出庫檢查標準作業程序」，透過出庫檢查，確保上線營運之車輛皆是安全可用。另已修訂「列車自動防護系統(ATP)使用及管理要點」，嚴格要求司機員不得擅自關閉ATP，如有獲得調度總所同意關閉者，行車速限最高60公里/小時。

三、針對主風泵異常問題，台鐵已全面清潔普悠瑪列車油冷卻器散熱鰭片及檢查中空絲膜式除濕機，並採購「主風泵中空絲膜式除濕機」及主風泵測試台以維系統穩定。

四、強化乘務員訓練及勤務考核，針對不當操作、或未落實SOP人員，加強複查，如發現有操作習慣不良者，加強其訓練及檢定，另將特殊或重大事故案例納入人員回訓或在職訓練之課程，並持續辦理各車種緊急故障排除訓練。

五、移設新馬車站進行小半徑路線改善，新馬車站曲線半徑由306公尺改善為500公尺，總經費估約6億，已於108年7月委託規劃，軌道部分預定111年10月啟用通車，車站部分預定於112年6月啟用。

有關普悠瑪事故罹難者及傷者賠償、生活照顧部分，林佳龍指示台鐵從優、從寬、從速之原則辦理，並指派王國材政務次長每兩週召集會議，瞭解賠償辦理進度。

交通部指示台鐵局研擬對傷者有利之賠償方案，包括列舉式、計分式賠償金額試算，供傷者擇優選用。交通部及台鐵也組成關懷小組，進行家屬及傷者關懷。

台鐵指出，普悠瑪事故造成18人罹難、290人輕重傷，截至目前已與10位罹難者的家屬完成和解（另有2人部分和解）；傷者部分，重傷16人（6人已復原、9人持續門診或復健治療、1人尚在住院）、非重傷274人（251人已復原、23人持續門診或復健治療）。 

重傷部分，台鐵局從寬、從優採「計分式」、「列舉式」方式，由傷者擇最有利方式試算賠償金額後由台鐵局給付賠償費用，並參照立法院委員協調會建議，依上述方式與家屬商談和解事宜。截至目前，重傷16人中已有已有10人完成和解。

原受重傷之卑南國中棒球小將，在經過醫療診治及臺鐵由專人接送進行復健後，現已恢復練球。非重傷274人中已有217人完成和解。尚未完成和解者，台鐵說會持續與家屬、傷者溝通，並派專人照護、關懷。傷者有就醫需求者，其搭機或搭車北上就醫，亦由台鐵派專人專車接送並支付費用，持續協助後續醫療與照護。