因應中國武漢的肺炎疫情，交通部長林佳龍要求所屬機場、港埠單位立即全面提升檢疫警戒，並配合衛生福利部疾病管制署之防疫規劃，全力落實邊境檢疫工作。交通部表示，疾管署已依不同情境將疫情及指揮體系區分為四等級，並作好各部會之具體分工，現階段尚無持續性肺炎傳播，屬於第四級疫情，應變作為以「整備」為主，交通部則以「全面提升港埠檢疫警戒」，以及「強化重點航班檢疫規格」為重點工作。
有關「全面提升港埠檢疫警戒」部分，交通部民航局、航港局、觀光局、機場公司、港務公司等相關單位已配合疾管署規劃，於各國際機場、港埠透過多元管道全面進行衛教宣導，協助以多媒體電子看板、跑馬燈、網路或張貼文宣等方式宣導各項防疫訊息。
觀光局已請旅行公會轉知各旅行社、領隊協會等，請相關從業人員配合陸委會已將武漢地區列為黃色旅遊警示區域，加強旅客及第一線員工宣導，對當地採取加強防護，同時籲請台商及其家屬注意各項防範措施。
此外，各機場、港埠單位並要求委外合約廠商除應落實平時環境清潔消毒作業外，並配合疾管署建立疑似傳染病症狀旅客(如：經後送就醫、嘔吐等)之港埠環境感染控制與清潔消毒作業程序、工作人員調度等機制，針對武漢入境航班，並於航班所有人員接下機離開後，於空橋及候機室入境區空間實施藥劑噴灑作業。
至「強化重點航班檢疫規格」方面，民航局已於109年1月9日發函要求國籍及中港澳籍航空公司，自即日起配合於往返台灣與中國大陸、香港及澳門之航班，於班機降落前廣播疾管署提供之衛教宣導訊息。目前各國籍航空公司及港澳籍5家航空公司均已配合廣播，其他陸籍航空均已通報總部陳報程序中，其中山東航空已預計於1月30日起開始廣播。民航局並將配合疾管署1月17日來函，函請各航空公司依疾管署「入(出)境航空器疑似傳染病旅客(含機組員)之處理作業建議原則」，於機上備有防疫通用套組以及備妥足量外科口罩，並主動提供給有呼吸道症狀旅客配戴，以保護乘客及機組員之安全。
交通部強調，將持續配合疾管署之防疫規劃全面提升港埠檢疫警戒，全力落實邊境檢疫工作，期將大陸武漢肺炎疫情阻絕於境外，也呼籲國人農曆春節期間因旅遊、探親等需求，兩岸交流將更加頻繁，再次提醒民眾自武漢地區返國入境時如出現發燒或類流感症狀，應主動告知機場檢疫人員；返國後14天內如有上述疑似症狀，可撥打免付費防疫專線1922(或0800-001922)，並依指示配戴口罩就醫，就醫時主動告知醫師旅遊史、職業別、接觸史及群聚情形等資訊，以利及時診斷通報。
