第二階段公費流感疫苗於12月8日剛開打，就驚傳缺貨，對此，疾管署今（11）日表示，是衛生局疫苗管控較為嚴謹，但因民眾至部分衛生所接種需求高於衛生所初次獲配送量，以致無法銜接民眾接種速度，衛福部長陳時中也強調，供應量是316萬劑，現在還有202萬劑，對供應應該是沒有問題的。
今年度公費流感疫苗第二階段在8日開打，對象為65歲以上長者及學齡前幼兒，全國約有1305家醫療院所配合開診，提供接種服務，不過，卻有卻傳出部分衛生所有缺貨的狀況發生，台中榮總也公告指出，因流感疫苗庫存不足，暫時關閉公費流感疫苗快速接種站，待疫苗撥補後，會再公告開放接種訊息。
對此，疾病管制署表示，目前配送至各縣市政府衛生局之公費流感疫苗數量充足，針對外界指出「部分衛生所疫苗已缺貨」，經疾管署了解，是衛生局疫苗管控較為嚴謹，但因民眾至部分衛生所接種需求高於衛生所初次獲配送量，以致無法銜接民眾接種速度，相關衛生局已掌握情事並將立即補充疫苗配送量。
而針對目前感染目前感染流感併發重症有258例，其中有11人死亡等狀況，陳時中表示，流感疫情沒有比往年嚴重，目前門診的人次約有7萬5000人次，還沒達到流行閾值，而在流感疫苗方面，供應量是316萬劑，現在還有202萬劑，至於有地方表示疫苗缺貨，陳時中指出，這是地方調配的問題，他強調，現在還有202萬劑，對供應應該是沒有問題的。
截至12月9日，各縣市政府衛生局獲配送的公費流感疫苗累計約316.5萬劑，扣除已接種的113.8萬劑，目前各地方政府衛生局尚有202.7萬劑可供統籌運用。
