針對澎湖縣長賴峰偉表示澎湖小三通是「有小三通之名，無小三通之實」，盼政府協助克服障礙，促進觀光成長，陸委會晚間發出新聞稿表示，只要澎湖縣政府提出需求，中央政府依照現行政策及法規，即可配合處理兩岸海空運直航相關事宜，沒有另需獲得中央政府同意的問題。

賴峰偉表示，他在上任後積極與大陸協調建立廈門、平潭與澎湖的海運直航、泉州晉江機場與澎湖馬公機場空運對飛。由於事涉兩岸事務，必須獲得我方中央政府同意，因此盼未來中央能協助澎湖克服障礙，促進在地觀光成長。

陸委會晚間新聞稿指出，政府一向非常支持澎湖發展，並致力澎湖與中國大陸之海空運輸便捷化，以促進陸客到澎湖觀光。政府不僅核定馬公港是「小三通」及「大三通」兩岸海運直航港口，亦將馬公機場列為「大三通」兩岸空運直航機場。

陸委會指，賴峰偉上任以來，陸委會持續與縣府保持聯繫溝通。今年5月澎湖與上海觀光包機首航，即是陸委會主委陳明通在聽取賴峰偉建言後，極力促成，並已順利完成；麗星郵輪亦依現行規定予以核准，順利載運陸客到澎湖觀光。

陸委會再次重申，政府歡迎陸客來台（含金馬澎）觀光，並已備具「大三通」及「小三通」之兩岸海空運輸便捷機制。中央與地方政府是協力關係，只要對民眾有利，縣政府提出需求，中央政府一定盡量來配合。