促進轉型正義委會前副主委張天欽的「東廠」說，不僅讓自己下台、重傷促轉會形象，也讓前主委黃煌雄請辭，更讓原本今（10）日要審查促轉會明年預算的立法院司法法制委員會由於國民黨立委的翻桌杯葛導致流會。對此，黃煌雄首度在自己創立的台灣研究基金會網站發表文章「一份獻禮——促轉會浴火重生的路徑導引」，呼籲促轉會若想浴火重生，必須慎重找到具有社會公信力的新主委，且賦予全權，讓其組成新團隊，並兼顧理想性與現實性。
黃煌雄指出，今年九合一地方選舉的結果，民進黨大敗，國民黨大勝。面對這種新的政治環境，經歷過「912」事件之後的促轉會，最大的問題便是：今後要如何走下去?他提到行政院長賴清德在7 日「說明選後檢討結果」的記者會上指稱「促轉會的東廠事件嚴重挫傷政府的公信力」。促轉會在這種聲浪與壓力下，要想浴火重生，主政者在心態上要認清並具備兩個要素：第一、必須要有堅定的意志與決心，第二、必須要有付出代價的準備。
黃煌雄認為，具體的做法包括：首先，要慎重找到新的主委人選，其人望及公信力能為朝野及社會各界所接受，並賦予全權，給予時間，組成新的團隊。其次，新的團隊成員應以現行團隊成員的同質性比重太高為鑒，兼顧功能性和代表性，不宜偏頗。第三，新的團隊成員包括主委、副主委和專任委員，都應守住最基本的行政倫理，也應有尊重大局、求同存異的基本素養。如果這些要素都到位，也展現出團隊的士氣與品質，促轉會也許還有浴火重生的機會。
黃煌雄表示，促轉會的最高指導原則就是八個字「真相、責任、公義、和解」。促轉會應該融合「南非想像」與「德國具像」的歷史經驗，找到一條具有台灣特色的轉型正義之路。「要謹記促轉會是超越政黨輪替，不應成為特定個人、政黨、政權的工具或打手。」要學習諸葛亮提出與堅持隆中策的戰略眼光與戰略定力，且要有戰略指導戰術、戰術指導戰鬥的概念與認知。同時，要有緊迫感，更要有節奏感，現在應可擬出兩年任期內最後 15個月的工作進程。新主委應承擔起總結報告總召集人的工作，要有歷史與學術的連結，也要有民國史與台灣史的對話，更要做到蔣渭水所說「把持理想，凝視現實」。
黃煌雄稱，促轉會浴火重生的機會只有一次，「就是我主動請辭所帶來的這次」，如果主政當局的回應態度是被動消極，以拖待變，抱殘守缺，無法因勢利導，今後的促轉會可能時時陷入挨打的境地，稍有不慎，甚至會如鐵達尼號撞上冰山一樣，變成殘局，這是所有關心轉型正義的有志者所最不樂見的。
黃煌雄最後強調，只要主政當局下定決心拋開權力的魔戒，開誠佈公，應該能邀請到適當的新主委人選，並組成有效的團隊，讓促轉會「鑼聲若響」重新出發，重建公信力，並提出一份既經得起現實政治考驗、又經得起歷史長河檢驗的總結報告。這樣的促轉會當然超越政黨輪替，他也誠摯地呼籲在野黨，若促轉會真能如此浴火重生，並堅持其超越政黨輪替的角色與本份，轉型正義將有如總統直選與全民健保一樣，成為國家的重要資產，增添台灣在國際社會的軟實力。
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