九合一大選綠營慘敗，黨內檢討聲浪不斷，日前行政院長賴清德宣布，交通部長吳宏謀、環保署長李應元、農委會主委林聰賢請辭下台，今（3）日為最後一天上班日，一早環保署長李應元仍到環保署上班，農委會主委林聰賢則請假未到辦公室，選擇再度神隱。
林聰賢從2017年2月3日由行政院院長林全邀請入閣，2017年2月8日接任行政院農業委員會第14任主任委員，任職1年9個多月，面對此次農業大縣綠地變藍天，各界認為農委會施政不接地氣，主委林聰賢更是責無旁貸，要負起責任。
林聰賢在選後多次被點名應下台，但當時他僅拋出「北農總經理吳音寧已經完成階段性的任務」，來自農業界認為，要負責的層級絕對不只是吳音寧，質疑林聰賢此舉是「斷尾求生」、「棄吳自保」。
面對黨內、黨外排山倒海的壓力，林聰賢最終仍向行政院長賴清德口頭請辭獲准。林說，到農委會之後，才知道台灣農業有太多結構性問題還沒有調整好，他不會因為離開這個位子就放棄服務、放棄解決問題的熱情和決心，還是會繼續當農委會在民間的好夥伴。
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