這次九合一綁公投選舉，堪稱史上最複雜，被民眾抱怨排隊時間太久。而中選會公布，4點前排隊中的選民仍可以投票，但可能造成有的投開票所已經開始開票，但仍有投開票所還在投票的情形。

北市選委會指出，各投開票所獨立運作，如果有的投票所已經完成投票，即可轉換為開票所，開始開票，不須等所有投開票所完成投票再開票。

不過，有民眾質疑，各投開票所獨立運作，導致有些開票所已開票，而有些投票所仍有民眾在投票。若民眾邊排隊邊看手機，就可以知道開票情形。

像是基隆市選委會表示，在看到人群大排長龍時，已把所有人力和票匭都送出去支援，但到了4點投票時間截止，仍有62個投開票所還有人排隊。