台灣政府對於中國與梵諦岡簽訂協議態度出現微調。除了總統府發言人黃重諺日前從宗教自由表達肯定外，外交部發言人李憲章今（27）日也說，希望協議簽署之後，能對中國內部的宗教自由、人權保障起到一定的積極作用。
梵諦岡日前與中國就主教任命簽訂暫時協議。外界認為，這替兩國斷交排除了重大障礙。總統府發言人黃重諺日前表示，如果從人權的普世角度來看，如果在梵諦岡努力下，中國人民可以因此領受到更多來自上帝的慈愛，接近上帝，並而從而可以享受更多真正的宗教自由，從這個角度來看，「這應該是一個受到祝福的好事」。
對此，李憲章表示，大家關心教廷與中國大陸簽署教務協議後續，可能會對台灣與教廷之間產生影響。外交同仁一定全力以赴，對中國任何在國際上的打壓、算計都會密切注意，也會全力、積極妥善的因應，絕對不會掉以輕心。
李憲章說，教廷高層，特別是國務院高層在與台灣駐教廷大使李世明溝通說明時，也都強烈表達教宗對台灣天主教徒社群的活力及台灣宗教自由的體制，表達高度肯定。也保證會確保台灣教徒的利益與福祉。
不過，李憲章也進一步說，希望協議簽署之後，能對中國內部的宗教自由、人權保障起到一定的積極作用，外交部也希望中國的宗教自由能朝向正向、積極方向開展，確保當地天主教徒社群的和諧及他們的權益。這是作為普是價值支持者的台灣所樂見的，宗教能夠得到普世承認與認同，民眾能夠享有充分的信仰自由。希望這個協議能在這上面扮演更重要積極推進的角色。
李憲章再度成重申台梵關係是穩定。對於已故教宗若望保祿六世將於10月14日封聖，他說，台灣也會有高層出席。至於陳水扁推定中國梵諦岡年底可能建交，將衝擊蔡政府選情，李憲章則說，尊重陳前總統的發言，沒有什麼評論。外交部會做最大的努力，當然也要對各種可能方向，做其他準備。
李憲章還強調，教務協議簽訂不可諱言是中國與教廷關係的一個進展，但如果這樣遽以推論馬上就會建交，是過於簡化的。
