民進黨台南市長初選過了5個多月，在蔡英文、陳菊協調下，市長候選人黃偉哲向陳亭妃道歉。此事對民進黨的整合原是件好事，民調卻顯示民進黨市長和議員候選人支持度在道歉事件曝光後反而下滑，顯見此事再讓民眾對民進黨感到失望。蔡英文5日南下造勢營造團結氣氛，陳亭妃因北歐外交行程未能與會，又讓綠營內部再次緊張起來，深怕危及在基層和對手短兵相接的議員選舉。
民進黨台南市長初選過程中，黃偉哲和陳亭妃之間的攻防，可以說是「刀刀見骨」，初選落敗的陳亭妃不滿黃偉哲陣營在初選過程中對她的人身攻擊，在初選結束後，雖一再表明會支持黨提名的人選，但雙方其實迄未徹底和解。
為了弭平裂痕，蔡英文不得不親自出手，在8月1日民進黨中常會後，特別會同陳菊、洪耀福、陳明文等重量級人士協調，安排黃偉哲向陳亭妃道歉，陳亭妃也在臉書上公佈黃偉哲的道歉函，內文包括：「鑒於台南市長初選期間，黃偉哲團隊幹部，多次以偏頗言論引用媒體錯誤報導，甚至用議長選舉的消息誤導等方式，造成陳亭妃及為其輔選同志的傷害，黃偉哲深感抱歉，願意向陳亭妃表達最深的歉意……」等文字。陳亭妃受訪時並感嘆「這是遲來5個多月的正義」。
不料，此事卻引發黃偉哲陣營的內部風暴，競選總部發言人邱莉莉對此相當不滿，因為文中所稱的團隊幹部，指的正是競選總部發言人，她除了在臉書po上「吃人夠夠」四個大字，並退出黃偉哲競選團隊，黃偉哲陣營雖強力慰留，但邱莉莉態度迄未軟化。
本月5日蔡英文輔選列車帶著陳菊到台南為黃偉哲和議員候選人授旗造勢，蔡英文在場上一再呼籲台南要「團結大勝利」，台南其他立委都出席大會，卻獨缺陳亭妃，也引發外界高度關注。黃偉哲受訪時解釋陳亭妃正好要去北歐拚外交，事前已跟蔡總統請假。陳亭妃也證實出訪北歐的外交行程在7月就已確定，她特別提前向蔡總統請假，並非刻意缺席。
從近來的事件發展來看，台南的民進黨內派系風波可能還要一段時間才能平息，原因除了溝通不足，彼此缺乏互信恐怕才是主因。黨內紛爭其實各有立場，難以論斷誰是誰非，但紛爭若遲未平息，將一再傷及民進黨形象，也讓對手有機會見縫插針，進而影響市長選舉和議員選舉，恐非綠營人士所樂見。
有議員長期委託民調公司進行市長和該區議員民調，原本民進黨市長候選人和議員候選人都穩定領先，在黃偉哲道歉新聞曝光後，黃偉哲和議員候選人民調平均下滑約百分之五，有人因而被藍營候選人超越。
「如果內訌事件持續醱酵，我們的民調可能還會下滑，黃偉哲領先高思博近二成，下滑一點不會影響勝選，但我們議員和國民黨、無黨籍候選人的差距本來就只是百分之二到七，黨中央若再不想辦法，早日平息黨內風波，重拾民眾對民進黨的信心，到時候，可能很多民進黨議員都不知道自己是怎麼落選的！」這位議員憂心地說。
