習近平掌權後，中國對宗教的打壓比以往更甚。近百萬穆斯林在新疆被抓到再教育中心，甚至被逼迫違反伊斯蘭教規吃豬肉、喝酒。
中國晚近加緊打壓宗教。除了法輪功等新興宗教外，該國所正式承認的天主教、基督教與伊斯蘭教也都受到政府日益嚴酷的壓力。在新疆，大量穆斯林被關到思想改造中心。中國當局於「改造」的過程中，甚至逼迫這些穆斯林違背伊斯蘭教規吃豬肉、喝酒。
中國當局自去年起在新疆大肆抓人，未經審判就將他們關進思想改造中心。被羈押的人數至少數十萬，甚至有評估到達上百萬人者。連外籍人士也不放過。
英國《獨立報》(The Independent)報導，哈撒克人貝卡里(Omir Bekali)出面指控，他曾被中國當局扔進再教育中心20天，然後關在監牢裡7個月。在再教育中心時，他被要求自我批判並否定自己的信仰與種族。
貝卡里指稱，中國當局逼迫接受再教育的穆斯林吃豬肉、喝酒。他與一群醫師、老師和大學生被關在一起。每天清晨被叫起來唱國歌、參加升旗典禮，然後被關進教室讀《毛語錄》，背誦「沒有共產黨就沒有新中國」等教條，並學習中國語文與歷史。每天被洗腦灌輸新疆自古以來的遊牧生活是落伍的，是奴隸社會，1950年代才被中國共產黨「解放」。吃飯時還被要求大聲喊：「感謝黨！感謝祖國！感謝習主席！」
此外每天還有4小時的課程灌輸伊斯蘭教的危險，並且有測驗。如果沒有符合「正確答案」，就要罰站數個小時。政治教師會逼問這些穆斯林，到底服從的是伊斯蘭教法還是中國的法律，是否了解宗教的危險性。
報導指出，再教育的目的旨在改造被抓來的人的政治思想，清除他們的伊斯蘭信仰，重塑他們的認同。這些再教育中心於去年快速增建。順從的人就可以得到一些獎賞，拒絕配合的人則會被施以單獨監禁、毒打或沒飯吃。
人權觀察組織(Human Rights Watch)資深研究員王松蓮指出，新疆的穆斯林家庭現在吃飯睡覺都在國家的監視之下。
美國喬治城大學中國歷史學專家米華健(James Millward)指出，北京企圖用「文化清洗」(Cultural cleansing)等手段來根本解決新疆問題。羅耀拉大學教授圖姆(Rian Thum)則指出，這是一種類似文化大革命的作法，會遺留下很長遠的心理作用，許多人一輩子都無法平復。
報導指出，這些再教育中心是秘密運作的，沒有公開數據指出到底有多少場址和多少人遭到關押。美國國務院評估，遭到羈押的至少有數萬人。新疆人在土耳其經營的電視台則認為有90萬人。歐洲文化與神學學院研究員鄭國恩(Adrian Zenz)認為超過1百萬人。
