教育部日前駁回台大校長當選人管中閔的遴選結果，教育部長吳茂昆今（29）日表示，教育部從來沒有干預大學自主，但直言很多事證顯示這次台大校長遴選過程沒有完備，這是學術誠信問題。對於有媒體詢問「遴選就是要民主對不對？」吳茂昆則回，「學術沒有真正的民主」。
吳茂昆上午出席在華山文創園區舉辦的教育部新南向教育展開幕，在場外準備進場時，國民黨台北市長參選人鍾小平在場外高聲批吳茂昆「為什麼卡管？」「蔡小英的政治打手！」一度差點與工作人員發生肢體衝突。
吳茂昆受訪時，對於外界關注的台大校長遴選案，提到為何台大校長是「遴選」，而不是「選舉」。遴選的意思是希望遴選委員去找出一個最好的人選，來領導全國最高學府，而這個人的很多標準都必須受到檢視，但目前看起來，很多跡象和事證都顯示當事人和遴選委員會，在整個過程並沒有把事情做得很完備，這是違背遴委會自己訂的規則中，非常重要的學術誠信問題，因此最後的結果教育部當然沒辦法接受。
對於目前包括吳誠文、王汎森等台大校長候選人都表態，不會再參加遴選，吳茂昆則認為，這顯示這個遴選是有問題的，「不然他們為什麼不選呢？」如果他們認為這是一個正當、正確的遴選，那為什麼不回來選？表示他們不認同目前遴選規則，「你看吳誠文的說明，把遊戲規則做得更完美、完備，他還是會回來」。吳茂昆還說，王汎森連回應都沒有，表示王對這一次是很失望的。
吳茂昆指出，還是會大學自治，但要求台大把整個遴選過程做得更完備。他也重申，遴選就是要選出一個最好的人選，針對所有候選人都要有個公平公正的遴選規則。他提到，自己曾是台灣參加第一次校長遴選的科學家，清大第一次遴選校長，他就有參加，而這是很不一樣的過程。
有媒體問到，台北市長柯文哲昨痛批卡管是「哪個白癡做的決策？」吳茂昆則回應，也許柯是不了解整個事情的內容，聽到就講了。
