台大校長遴選案喧騰多時，教育部長潘文忠更因此辭職，並在聲明中批評台大處理模糊帶過、擱置不處理。台大校方則回應，希望教育部依法行政，儘速聘任校長當選人管中閔。
台灣大學校長遴選委員會1月5日選出中央研究院院士管中閔為新校長，原預訂2月1日上任，卻遭質疑擔任企業獨立董事、論文案等爭議。教育部至今未發出聘書，近日更組成跨部會諮詢專案小組，釐清管中閔赴中國大陸兼職的爭議。
行政院今天證實潘文忠已辭職。潘文忠在聲明中強調，希望透過辭職，讓所有政治操作就此停止。他並指出，台大遴選委員會和校務會議對各項爭議的處理，或以模糊帶過，甚至擱置不處理，當選人（管中閔）也不對外公開說明，任憑疑義蔓延。
對此，台大主任秘書林達德簡短表示，希望教育部能妥適處理台大校長聘任案，尊重校長遴選委員會決定，依法行政、儘速聘任當選人管中閔。
台大遴選委員會發言人袁孝維則說，遴選過程一切合法，委員會克盡職責，21位委員中也包括3位教育部的官派代表，「全程參與，自當清楚。」
袁孝維解釋管中閔的各項爭議，學術倫理案去年10月已去函教育部及科技部確認。獨立董事爭議，也在今年1月31日加開的遴選會會議中，確認無違法。
袁孝維特別提到，1月31日會議上，教育部官派代表、次長姚立德建議針對教育部之疑慮逐條討論，且對特定議題投票表決，會議長達近7小時，並非「模糊帶過」。會議最終確認管中閔當選台大校長「並無疑義」。
袁孝維表示，尊重潘文忠的個人決定，但也希望教育部尊重台大遴選會的決議，維護依法行政及大學自治的核心價值。
