國際常設仲裁法院2016年7月12日處理南海爭議時，不僅否決中國所謂「九段線」的「歷史性權利」，也將太平島地位從「島」降為「礁」。裁示出來後，總統蔡英文表達不滿；不過，副總統陳建仁今（13）日則是批評「中國繼續無視常設仲裁法院對它與菲律賓爭端的裁決」；言下之意，台灣已改採有條件接受此一仲裁的立場。
針對中國對南中國海的「九段線」主張，菲律賓將此爭議提交國際仲裁法院處理。去年仲裁法院裁定，在《聯合國海洋法公約》下，中國對南海自然資源不享有基於「九段線」的「歷史性權利」。仲裁庭還裁定中國在南海的填海造陸給環境造成了不可挽回的損失，並要求中國政府停止在南海的活動。其中，台灣控制的太平島被認為，其自然條件不足以支撐及維持常住人口，最多只能產生領海、不能產生專屬經濟區。
對此，總統府發出，「本案仲裁庭於審理過程中，並未正式邀請中華民國參與仲裁程序，也從未徵詢我方意見。現在，相關仲裁判斷，尤其對太平島的認定，已經嚴重損及我南海諸島及其相關海域之權利，我們在此鄭重表示，我們絕不接受，也主張此仲裁判斷對中華民國不具法律拘束力」。隔天，蔡英文還出席迪化艦前往太平島海域巡視的啟航活動。蔡政府此一做法，在國內則遭致部分獨派人士批評。
但副總統陳建仁今日出席「第7屆台美日三邊安全對話研討會」致詞，則似乎暗示政府對於仲裁法案裁決的立場已有調整。他說，南海是一個會對國際造成影響的潛在區域衝突點。中國繼續無視常設仲裁法院對它與菲律賓爭端的裁決。相反地，台灣則將南海最大的天然島嶼太平島做為科學研究和人道救援的基地。台灣會繼續加以監測，保障航行和飛越自由，確保一個自由、開放的南海，這對區域安全和永續的全球經濟至關重要。
陳建仁說，中國除了在南海的挑釁行為外，也派遣越來越多艦艇和飛機通過東海。但台灣仍致力於維持台海和平穩定的現狀，不過這需要雙方的合作。台灣正在尋求台海兩岸的積極對話，希望很快能展開對話。這有利於兩岸、區域和全球的人民。
