延宕十餘年，台南大學遷校七股案經校務會決議取消遷校計畫，並準備將土地歸還台南市政府；此舉，引發台南市政府與立委跳腳。教育部高教司長李彥儀表示，教育部長潘文忠已表示未來會邀集台南大學與台南市府三方共同研究七股地區的發展。
針對立委質疑為什麼台南大學遷校七股計畫拖了這麼久，還沒有完成?教育部高教司李彥儀表示，台南大學府城校區確實校地狹小，當初決定遷校台南七股時，進行了校區規畫，但 因該地位於濕地又是黑面琵鷺保護區，保育人士發動抗議，最後有一大部分的濕地劃為保育區，限定開發，台南大學光是在環評階段校園規畫就改了好幾次；民國 100年時，台南大學又向台南市府爭取文化區體育館活化利用，當時的台南縣要求體育館活化成小巨蛋，並由台南大學來經營；後來校方評估沒有能力經營並放棄爭取體育館用地；校方再度提出低密度開發七股校區計畫，只作生態研究發展；但南大環境與生態學院師生舉行遷院七股公投，結果全院師生沒有人支持遷院七股。
八月間，教育部行文要求台南大學針對延宕已久的遷校七股計畫透過全校公聽會與校務會議決定是:遷校七股或七股校地歸還台南市政府；校方舉辦公聽會時，師生普遍主張取消遷校計畫，校務會務的投票也是一致性地主張「取消遷校七股計畫」；但是，台南大學的這項決議引來軒然大波。
台南市政府在20日發聲明，指責南大遷校不力，不符行政程序，也未尊重行政倫理外，台南市政府積極協助南大遷校，但南大一直拖延，不斷調整設校方向，行政效率牛步，校區建設延宕13年餘，浪費教育部補助7億3500萬元的公帑，更辜負台南市和七股居民對南大的用心和期待。市府並示，對照交通大學台南校區開發，更顯南大遷校不力。
台南市代理市長李孟諺24日又公開表示，南大花了17年，沒有任何成果，應對台南市民道歉。他表示，台南市政府多次向教育部反映，希望教育部協助南大完成七股設校，大環境雖有少子化的問題，但事在人為，交通大學在台南設分校，3年就完成籌設，目前已有100、200位學生就學。 若無法再寄望南大，希望教育部媒合其他學校活化這塊土地，若全都沒辦法，再考量收回作非教育用途的使用。
教育部高教司長李彥儀表示，不管台南大學作了什麼決定，教育部覺得對於七股校區未來的發展，尤其是濕地保育生環境，都可以充分來協助地方的發展和產業發展；教育部長潘文忠也表示，邀集台南大學與台南市府三方共同研究七股地區的發展。
