民進黨前立委王麗萍接受媒體專訪時，砲轟「海基會像奴才」、「沒有保護、沒有敵我意識，也沒有主權觀念，海基會唯一的邏輯，就只有在別人土地，要盡量低調和忍耐」等，對此，海基會14日強調，陪同人員絕無表達要求低調等情事，中國方面收回李明哲之妻李凈瑜一次性台胞證，海基會陪同人員在第一時間就積極聯繫處理，並當場與中方協調，力爭當事人權益，王麗萍的說法與事實不符。
NGO人權工作者李明哲週一在中國湖南省岳陽市出庭受審，當時陪同李凈瑜前往的王麗萍昨天安全返台後，砲轟海基會像人家的奴才，被中國踩到腳底下。據《蘋果日報》報導，湖南台辦在李凈瑜登機前，要求收回她的台胞證，王麗萍表示，當時海基會的科長竟然還說，「凈瑜，妳的台胞證，他們要收回」，王麗萍認為，「這樣有對等嗎？把我們整個國家是踩到腳底下」。
對此，海基會強調，協助李明哲家屬赴中，善盡陪同與保護的責任，家屬對此也表達感謝，而王麗萍並非家屬，海基會還是全力提供協助，對王麗萍的不實說法深感遺憾。
海基會表示，自1991年成立以來，接受政府委託與授權，秉持「對等、尊嚴」的原則，協調處理兩岸人民往來相關事務，盡力解決兩岸開放交流後所衍生的問題，也是海基會成立的宗旨。台灣民眾在中國遇到任何問題，海基會一定盡全力提供協助，維護國人的權益，這是海基會的職責。
海基會強調，捍衛、爭取台灣民眾的基本權益，這是海基會的天職，也是海基會每位工作同仁責無旁貸的使命。對於國人爭取自身合法權益的行為與精神，海基會予以支持與肯定。
關於李明哲案的後續協處，海基會表示，日後依然秉持一貫的立場與態度，根據家屬需求提供所有必要的協助，全力協助家屬。
