雖然芬普尼蛋上游廠商已全數管制封存超標蛋，但是下游廠商卻還沒清查完畢，不時傳出有芬普尼蛋流進小吃攤或是早餐店的消息，今(27)天農委會公布最新數據，截至今日12時止，自畜牧場及下游通路總計回收封存約1,386,902顆問題蛋，而不合格牧場名單中，已有7間複驗通過並解除管制，未來農委會也會持續清查下游通路，是否還有芬普尼蛋流竄，如果有使用到問題蛋廠商，也希望民眾能自主通報，確保消費者食安能有所保障。
今天跨部會小組持續針對雞蛋驗出芬普尼不合格之44家蛋雞場，追查下游銷售通路及數量，截至12時止，衛生單位累計出動456人次，稽查420家業者，自畜牧場及下游通路總計回收封存83,214.1公斤(約1,386,902顆蛋)，其中畜牧場34,818.6公斤(約580,310顆蛋)，下游通路48,395.5公斤(約806,592顆蛋）。
另外，在不合格牧場中，已有7間複驗通過解除管制，跨部會小組說明，目前各地方政府動物防疫單位已全面啟動採樣複驗工作，經公布之不合格44場中，已有7場（彰化縣文政牧場、台中市高昇畜牧場、屏東縣台益畜牧場與吉盈養雞牧場、彰化縣林樂雞場、宏名畜牧場及國賀牧場第一場等）申請複驗，並已檢測合格，另今日尚有31場送達財團法人中央畜產會屏東技術服務中心複驗中，預計於明(8/28)日上午完成複驗，經檢驗合格後，始能解除管制，之後所產雞蛋也才能上市。
跨部會小組強調，經過本次雞蛋芬普尼事件後，農委會將檢討並持續加強禽場端源頭管理措施，對於農業用藥管理，將儘速辦理公告禁止芬普尼4.95%水懸劑之加工、輸入、販售及使用，並將芬普尼列為年度例行檢測項目，加強非常規用藥檢測，同時強化農民生產管理宣導及教育；另外已委託中央畜產會邀請學者專家組成輔導團隊，儘速至芬普尼檢出不合格之蛋雞場進行現場輔導，改善農民飼養管理，並加強宣導農民正確用藥，以確保農民提供安全無虞之雞蛋供消費者選購。
對於後續雞蛋供應及價格，農委會將與家禽產業團體協商進行產銷調節，以穩定雞蛋產銷，並確保消費者與農民之權益。
