31日多數縣市都已恢復正常上班上課，但台南市長賴清德考量上午6至8時雨勢可能相當大，正好又是上班上課時間，市府請各公司、學校彈性處理，若因為一時的雨量造成市民沒有辦法準時上班上課的話，不予記遲到。
賴清德主持尼莎暨海棠颱風台南市災害應變中心第五次工作會議時感謝全體工作人員辛勞付出，並要求所屬確實掌握各水庫包括曾文水庫、南化水庫、白河水庫、虎頭埤等調節性放水情形，也務必通知沿線居民，避免遭受到洩洪時淹水之苦。
有關土石流部分，台南市已經發布32條土石流黃色警戒，入夜以後11條可能提升成紅色警戒，賴清德也請民政局、社會局、區公所要提防警戒。
截至目前為止，災害應變中心已經要求預防性疏散撤離共8區346人，這8區包括左鎮、龍崎、六甲、東山、南化、歸仁、玉井、白河，並且也開設收容所1處2人，給予必要的協助。
針對沿海低窪的地區，賴清德也指示要特別留意凌晨4時滿潮，該時段請水利局及沿海地區的區公所嚴防海水倒灌，抽水站跟移動式抽水機要隨時待命，一遇到淹水情況迅速解決。
台南市31日正常上班上課，不過賴清德也指出，根據中央氣象局南部氣象中心及成大災防研究中心的報告，未來24小時的雨量是200至400毫米，進一步分析，主要會下在30日晚20時到31日早8時之間，31日早8時以後雨量僅100多毫米。
為顧慮到31日早上6時到8時正好是上班上課時間，賴清德也請台南市各公司各學校彈性處理，若因為一時的雨量造成市民沒有辦法準時上班上課的話，不予記遲到。
