行政院長林全接受《報導者》訪問時表示，除了已經核定的2項計畫外，前瞻計畫軌道建設目前並沒有其他區段徵收。但《報導者》卻指出，交通部網站上38項計畫裡確有18項涉及區段徵收。對此，行政院今（3）日表示，這是因為交通部網站資料是過去的舊資料。
《報導者》指出，交通部於6月8日設置前瞻專區軌道建設網頁，將全部38項軌道建設報告書上網公開。在研究每本報告書後發現，涉及區段徵收的計畫就有18項。其中，載明要做區段徵收的有6項次，計畫範圍包含其他計畫區段徵收的有15項次，報告書中僅將區段徵收列為建議方案或方案之一的為6項次。
對此，行政院表示，《報導者》於訪問院長前曾上網找到交通部的38項軌道建設計畫報告書，是因賀陳部長在5月22日立法院交通委員會接受立委質詢時，質疑軌道建設決定太過倉促，沒有經過審慎評估，要求公開各項計畫內容，交通部於是將各項計畫過去的研究報告書公開上網，證明許多軌道計畫是中央地方經過多年討論及研究，並非是為了前瞻基礎建設計畫而憑空產生的。
行政院表示，《報導者》和交通部王國材次長做訪談，王次長有說明過，因為很多計畫是經過中央地方多年研究的計畫，網站上公布的是證明各項軌道計畫是中央地方有經過多年詳細研究的，記者查到的有些資訊是舊的研究報告內容，過去習慣會在建議徵收項目上將一般徵收、協議購價、撥用，以及「區段徵收」等方式全部勾選，所以該記者會查到有所謂38項計畫有18項提到區段徵收的資訊。而且王次長也跟記者說，有些計畫現在交通部都還在審議中，並非是最後核定通過的計畫內容，一旦確定審議通過，交通部都會隨時更新上網公開。
行政院指出，經交通部與各縣市政府部盤點38項軌道建設計畫，有採「區段徵收」只有一項，就是桃園捷運綠線，因為部分場站（G12～G18及G32計九站）屬航空城計畫或南崁新市鎮都市計劃區內，也就是說因為這些場站是因為都市計劃區內，整體都市計劃是採區段徵收，並非因前瞻基礎建設計畫而採區段徵收。另淡海輕軌現採一般徵收，但當地的居民反而要求保留未來5內能參與「淡海新市鎮第二期」區段徵收的權利。
